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win10兼容的五笔输入法
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fpkm和count区别
fpkm和count区别是:Counts是数据后台没有处理的原始表达量,而FPKM和是一种数据处理的方法。
也就是说,如果下载Counts数据,是表达量数据,如果下载FPKM数据,那么要注意这些数据是经过处理的。正常情况下,我们下载Counts数据就可以了,特殊情况选择FPKM数据也是可以的。
下载数据后,在数据分析时,用的方法也是不同的,Counts数据一般使用edgeR包或DESeq包,对数据做分析。
如果下载FPKM数据,就不能使用edgeR包,只能只用DESeq包进行处理。
在使用edgeR包做Counts数据处理时,是需要对数据进行normalize的,所以我们在下载数据时,下载counts是比较常用的。
选择Normalization方法的原因是:
1、学术界已经不再推荐RPKM、FPKM。
2、比较基因的表达丰度,例如哪个基因在哪个组织里高表达,用TPM做均一化处理。
3、不同组间比较,找差异基因,先得到read counts,然后用DESeq2或edgeR,做均一化和差异基因筛选;如果对比某个基因的KO组和对照,推荐DESeq2。
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